Конечно надо иметь две статистики И две панели Google и Яндекс, но как по мне yandex webmaster самая лучшая панель. Наглядная и с полным перечнем инструментов, практически не требует дополнительных скриптов.
Лучшая система по отслеживанию интернет статистики сайта. Довольно простая, при этом есть все нужные параметры. Использованием разных расширений можно вообще забыть от других типах статистики. Показывает все проблемные места проекта и пути их решения. Одна проблема - нужно уметь пользоваться.